La Fundación PROLANCHO, tuvo sus primeras aproximaciones en el año 1999; sin embargo las condiciones para estructurar una Fundación por parte del Programa de Apoyo a los Pequeños y Medianos Campesinos del Norte de Olancho (Proyecto PROLANCHO) no estaban dadas, por lo cual el proyecto no continuó con la idea, desarrollando todas sus acciones mediante la figura de los comité zonales que en la zona de influencia de lo que fuera el Proyecto PROLANCHO” se constituyeron cuatro comités zonales con la participación de 19 municipios, constituidos así: Zona 1. Campamento, Concordia y Guayape; Zona II: Salamá, Silca, Jano y Guata; Zona III: San Francisco, Guarizama, Manto, Gualaco; Santa María del Real; San Esteban y Dulce Nombre de Culmi; Zona IV: El Rosario, Yocón, La Unión, Mangulile y Esquipulas del Norte, cada zona operaba un Plan Operativo Anual (POA) y se inicia la gestión de los municipios por bloques y no en forma individual; sin embargo, esta figura se mantuvo hasta el final de la tercera Fase del Programa; y a nivel de la sociedad civil se trabajó a través de organizaciones llamadas las Asociaciones de Servicios Comunitarios (ASC) y las Asociaciones de Servicios Múltiples (ASM), que de igual manera se organizaron en comités zonales.

Como parte de las recomendaciones de la Misión de Evaluación Final, se recomienda la constitución de una Fundación, lo cual debía hacerse fuera de la vida del programa, que finalizaba el 30 de enero del 2004 y la misión concluyó en noviembre del 2003, para lo cual ya no había tiempo para estructurarla. La Secretaría de Agricultura y Ganadería (SAG) toma dicha recomendación y para concluir la idea constituye una Unidad de Gestión Nacional desde Febrero hasta diciembre del 2004, que opera con fondos dejados por el programa y se inicia el trabajo de estructuración de la Fundación con las municipalidades y las organizaciones de sociedad civil; además, de instituciones públicas acompañantes como la Secretaria de Recursos Naturales (SERNA), la Secretaria de Gobernación y Justicia (hoy Secretaria de Derechos Humanos, Justicia, Gobernación y Descentralización) y la misma SAG.

Después de promover la creación de una fundación, se realiza la Asamblea de Constitución el 29 de septiembre del 2004, dejando como actividades del equipo y la Junta Directiva Provisional, estructurar los estatutos y/o Exposición de Motivos, en virtud de que existía la posibilidad que se gestionara un decreto legislativo de creación a través del Congreso Nacional, por lo tanto se elaboró una exposición de motivos. La Fundación heredó una cartera de dos fideicomisos que son el Fondo de Apoyo a las Iniciativas Locales (FAIL) con un monto de fondo patrimonial de L. 29,121,969.00 y el Fondo de Apoyo al Desarrollo Municipal (FADM) con un monto de fondo patrimonial de L. 17,499,290.77. Todos estos fondos eran administrados por un banco del sistema convencional; sin embargo, su manejo resultaba oneroso para la Fundación ya que se realizaba a través de un fideicomiso con comisiones que no permitían obtener fondos suficientes para la capitalización y el pago de suficientes recursos humanos, optando por que el mismo fuera administrado directamente por la Fundación PROLANCHO a partir de Octubre de 2010. Los fondos son colocados en préstamos a las municipalidades como un fondo rotatorio para proyectos de desarrollo municipal; igualmente se atiende a l@s pequeñ@s productor@s a través de la canalización de créditos por las ASC y ASM. Otros bienes heredados del Programa PROLANCHO que le permiten operar son: equipo de oficina, vehículos y un presupuesto para operar los primeros seis meses, iniciando un proceso de gestión para la prestación de servicios, desde la Dirección del Proyecto, con el apoyo de la Junta Directiva, y hacer el seguimiento a los fondos en fideicomiso, hoy administrados directamente por el personal contratado, pues los ingresos para operar después de finalizado el contrato de fideicomiso se han incrementado muy significativamente, al punto que de 2 empleados hoy cuenta con 7 permanentes, oficina propia y nuevos equipos y logística básica que han mejorado su operación.